Истории создания Института биологии развития им. Н.К. Кольцова РАН началась в 1917 г., когда был создан Институт экспериментальной биологии. Идея создания такого института, его организация и структура, а также руководство им на протяжении более 20 лет связаны с именем Николая Константиновича Кольцова – выдающегося отечественного биолога, основателя многих научных направлений, определивших облик экспериментальной биологии в первой половине XX века.
Институт морфологии человека был организован на основании приказа Министерства здравоохранения СССР № 495 от 28 ноября 1960 г. и начал свою деятельность с начала 1961 г., располагаясь первоначально на базе патологоанатомического отделения крупного многопрофильного клинического учреждения – Московского областного научно-исследовательского института им. М.Ф. Владимирского. Научная тематика Института морфологии человека всегда отличалась многообразием, к чему обязывает его статус головного учреждения. Основную тематику института на протяжении его развития можно сгруппировать по четырем крупным научным направлениям: 1) географическая патология; 2) структурные основы иммунного гомеостаза в норме и патологии; 3) патологическая анатомия и патогенез важнейших заболеваний человека; 4) закономерности морфо- и эмбриогенеза человека в норме и патологии. Внутри этих направлений в свою очередь отпочковывались другие самостоятельные направления.